Twenty Twelveのレイアウト構造の記事ではスペースがなくて書けなかったので、header,article,の内部の構造を図に表してみます。

header

nav #site-navigation.main-navigationの内部はdiv .menu-bar-container以外は画面に現れてきませんね。

article

個別記事ページもTOP・カテゴリもほぼ同じ構造です。違いは、div .entry-contentの中で、記事本文が全て表示される（個別記事ページ）か、「続きを読む」以降が省略される（TOP・カテゴリ）か、だけです。